深海贻贝广泛分布于海洋化能合成生态系统中。深海贻贝Bathymodiolus platifrons和B. japonicus同时存在于冷泉和热液环境中，在其鳃组织中专有甲烷营养共生菌。然而，对于在两种生境中两种深海贻贝的不同组织相关微生物群的比较分析仍有限。本研究以取自相邻冷泉和热液环境的深海贻贝B. platifrons和B. japonicus为研究材料，对鳃、闭壳肌、外套膜、足和内脏团（包括肠道）等不同组织进行取样，使用16S rRNA基因测序策略，从组织水平解析微生物群落结构。在冷泉贻贝和热液贻贝的鳃组织中，共生伽马变形菌Methylomonaceae是优势类群，而甲烷氧化是丰度较高的预测功能之一。相比之下，冷泉贻贝和热液贻贝在其他组织中的丰富类群分别是Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae，这些微生物可参与元素循环。研究结果揭示了同一生境中的两种深海贻贝在群落结构方面的高度相似性。同一环境下的贻贝鳃组织细菌群落结构与其他组织相比具有明显差异，而两种环境下的贻贝鳃组织群落则更为相似。两种环境下的贻贝闭壳肌、外套膜、足、内脏团具有显著结构变化。本研究可以进一步加深对相邻冷泉和热液环境中深海贻贝的组织相关微生物群特征的认识。